根據消殺的有害微生物和需要保護的對象及具體生產環境，采用不同的方法。其原則是：既不損傷要保護的對象，又能有效消殺危害的微生物。消毒有物理方法和化學方法，常見的物理方法有吸附、過濾、隔離等；化學方法就是通過消毒產品的氧化作用使微生物失去活性。不過除了物理、化學方法外，現在市場已有其他原理的空氣消毒機，也可以對環境中的浮游微生物進行有效消殺。具體用什么方法由保護對象和環境決定，如操作臺面有微生物，可以噴涂酒精或消毒液；假如是食品烘焙企業包裝車間的食品細菌超標，這種方法顯然是行的，這就是消毒的方法的選擇。

餐飲企業選擇消毒方法可以從 3個方面加以考慮，食材的消毒、成品菜的消毒及場所環境的消毒。應嚴控廚房間、食材儲藏間內環境的消毒，防止微生物滋生，對于餐廳包廂人員密集、流量大的外環境，除與內環境隔離外，還要做好打烊后的消毒工作，而對于食材，選用何種消毒產品及方法應根據不同的食材特性而定，既要做好微生物的消殺，又不能影響其新鮮與質感。

消殺的對象找到了，滋生的源頭也清楚了，消毒的方法也確定了接下來就是如何能快速地消滅這些有害微生物，即用什么消毒產品對它最有效。這包含兩個因素：正確的消毒產品與適宜的量。選用正確的消毒產品與適宜的量才更有針對性和有效性，量又包括兩層含義使用的濃度與使用量，濃度是關鍵，如消毒酒精的適宜濃度是 75%，在適宜的濃度下，消毒產品的量少了，消殺不徹底，多了浪費。